Après un enseignement fondamental dispensé à tous les étudiants pour leur inculquer les notions de base en physique des plasmas (tronc commun), des cours optionnels traitant des différentes thématiques ou « colorations » de la discipline leur sont proposés: physique des plasmas naturels (Plasmas Spatiaux et Astrophysiques), des plasmas de procédés (Plasmas dits « industriels »), des plasmas thermonucléaires (Plasmas de fusion magnétique ou inertielle) ou des plasmas issus de l'interaction laser-matière (Plasmas-lasers), dont une description plus détaillée est donnée ci-dessous. 

L’ensemble de ces cours sont abordés de façon théorique et fondamentale, mais aussi du point de vue de l’expérimentation, de la simulation numérique et de la modélisation. Ils permettent aux étudiants d’acquérir une expertise dans différents domaines pluridisciplinaires (plasma/santé, plasma/environnement, plasma/énergie, plasma/espace, etc), mais aussi d’être initiés aux technologies innovantes les plus actuelles et aux grands projets nationaux et internationaux tels que le Tokamak ITER, les Lasers MegaJoule, Apollon ou Petal, ou encore les missions spatiales présentes et futures (Parker Solar Probe/NASA, Solar Orbiter ESA/NASA, etc).

Ces options ou « colorations » sont suivies de cours dits de « spécialisation », qui permettent aux étudiants d’approfondir leurs connaissances de façon plus pointue et dans l’optique de leur stage de recherche, dont la durée de 5 à 6 mois est compatible avec le format de stage de fin d'études des Ecoles d'Ingénieurs. Effectué dans un laboratoire de recherche en France ou à l’étranger, dans le milieu académique ou chez un industriel partenaire, ce stage parachève le Master qui ouvre alors sur un Doctorat (pour la majorité des étudiants) ou directement sur un emploi dans l’industrie.